Gehörte die Kirche ursprünglich zur Pfarrei Thanning, kam sie im 18. Jahrhundert zu Wolfratshausen. Laut Pfarrbeschreibung vom Pfarrvikar Georg Adler 1585 besitzt die Kirche drei Altäre: "... der chor Altar hayst Sandt Johannis Altar, der 2. andern Sandt Viegl, der 3. unsern frauen Altar, und bay diesen wirt kein wochen mess gelesen, sonder nur am dritten Sontag."
Zehn Jahre nach dem Schwedeneinfall ging 1642 ein Zustandsbericht an die bischöfliche Behörd in dem die Kirche für abbruchreif befunden wurde. Doch die Not der Zeit ließ einen Neubau nicht zu. Es wurde repariert, so gut es ging. Es gab eine kurfürstliche Unterstützung. Die Dachplatten kamen aus der kurfürstlichen Schwaige in Laufzorn bei Deisenhofen. Die Gesamtbauleitung hatte Maureremeister Hansen Widmann. Den Dachstuhl und die übrigen Zimmermannsarbeiten übernahm Zimmermeister Hansen Laimer aus Weidach. Um das Dach kümmerte sich Maurermeister Hansen Wietmann. Die Gesamtsumme aller Ausgaben beliefen sich auf 230 Gulden, 50 Kreuzer und 1 Pfennig.
1727 fasste der Wolfratshausen Pfarrer Joh. Baptist Maurer Pläne zum Neubau der Kirche. Der Maurermeister Benedikt Schafstatter von Wolfratshausen erstellte einen Kostenvoranschlag, doch den Auftrag erhielt er nicht. Nach den Plänen des Münchners Stadtmaurermeisters Johann Mayr geb. 1677 in Haustatt bei Bad Aibling wurde eine neue Kirche gebaut, die in ihrer Substanz noch heute besteht. Grundsteinlegung war am 4. Juni 1728, nachdem am 10. Mai 1728 mit dem Abbruch der gotischen Kirche begonnen worden war. Mitverantwortlicher Baumeister war Lucas Mörz aus Weidach. Der Rohbau des Kirchenschiffes und der Sakristei waren 28. September fertig gestellt. Im folgenden Jahr wurde der Turm aufgemauert und mit einer „Turmkuppel“ abgeschlossen. Mit einer Holzkonstruktion wölbte man die Decke des Kirchenschiffes. Die Arbeiten führte der Zimmermeister Hans Koch aus Höhenrain aus. Im Jahre 1730 wurde die gesamte Kirche in 24 Tagen verputzt.
Seit der Fertigstellung mussten fast fünf Jahre vergehen, bis die Kirche geweiht wurde. Die Weihe des neuen Gotteshauses erfolgte unter dem damaligen Fürstbischof Kardinal Johannes Theodor, Herzog von Bayern (1727-1763), durch seinen Freisinger Suffraganbischof (Weihbischof) Johannes Ferdinands, Freiherr von Poedigheim. Dieser hatte von 1730-1756 den Bistumsstuhl inne. Auf seiner umfangreichen Konsekrationsreise erfolgte die Weihe der Kirche Johannes der Täufer in Dorfen am Sonntag, den 21. September 1734.
Bei der Konsekration der Filialkirche wurde die Reliquienkammer vorne im Sockel des Hochaltares eigefügt. Es ist eine vom Bischof versiegelte Zinnschatulle mit Weiheurkunde und Reliquien des hl. Märtyrers Felix, der durch Enthauptung um 300 gestorben ist. Auf dem Verschlussdeckel ist die Zahl MDCCXXXIIII (1734) eigefügt.
Bereits im April 1814 beklagte der Wolfratshausen Pfarrer, Dekan Johann Michael Mayr, den Zustand der Kirche, der angeblich der Einsturz drohte. Doch das Geld fehlte und so wurde sie wieder einmal notdürftig repariert.
Sie steht nach wie vor am alten Platz! Nur seit 1884 besitzt der Turm einen Spitzhelm, der die ursprüngliche Zwiebelkuppel ersetzt hat.
Am 10. Dezember 1889 wurde das alte disharmonische Geläuf ausgetauscht. St. Maria Glocke erfreute durch ihren hellen Ton. Die St. Johannes Glocke im f-Ton überzeugte zunächst nicht. Sie wurde noch einmal von der Fabrik Ulrich Kortler gegossen.
1909 Innenausstattung
1909 erhält durch neue Seitenaltäre die Innenausstattung der Dorfener Kirche ihr endgültiges Gesicht.
Innenansicht Richtung Westen
Durch die Anordnung des Königlichen Kriegsministeriums vom 1. März 1917 kam es zum Verlust der Glocken. Schon bald nach Kriegsende kam es zu einer Spendenaktion unter der Dorfener Bevölkerung für einen Nachguß. Auf Weihnachten 1921 wurden die Glocken durch den Erdinger Glockengießer Bachmair bereits geliefert.
Im Winter 1941/42 kam es zur erneuten Glockenenteignung auf Anordnung des Generalfeldmarschalls Göring.
Im Sommer 1942 weißelte die Dorfener Bevölkerung ihre Kirche innen und außen. 1947 wurden die Fenster der Kirche, die durch Bombenschaden einer Luftmine zerstört waren, neu eigeglast; allerdings nicht mit Buntglas, sondern nur mehr mit weißem Kathedralglas.
Es folgten dann laufend Erneuerungen:
1961 ein modernere Tabanakel, 1963 Aussenanstrich,
1967 elektrischer Antrieb der Orgel, elektrische Läutanlage,
1973 Wiederaufstellung des restaurierten Barocktabernakels,
1976 elektrische Turmuhr.
1977-1984 erfolgte die Totalsanierung der Kirche im Innen- und Aussenbereich.
Orgel in St. Johannes d.T.
Restaurierter Barocktabernakel
Zum Patrozinium am Sonntag, den 24. August zelebrierte Weihbischof Franz Schwarzenböck den Festgottesdienst zur 250 Jahrfeier der Kirche. Dabei nahm der Weihbischof die Wiedereinbettung der bei der Renovierung gehobenen Reliquien in den Sockel des Hochaltars.
